目前，脑积水的手术治疗主要为神经内镜手术和各类分流术，两者在脑积水治疗上均发挥重要作用。但分流术因植入物带来诸多弊端，如分流管堵塞和位置不当、感染、分流过度等，虽然出现多种可调压式分流管和抗感染分流管，但上述问题始终无法彻底解决。加之病儿常因身体增长需多次手术更换分流管，这让家长难以接受。神经内镜手术能避免植入物带来的并发症，可控制大多数非交通性脑积水和部分交通性脑积水的病情而避免分流，这对脑积水病人，尤其病儿是十分理想的结果。
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神经内镜是现代科学技术带给我们神经外科医生的一双“慧眼”，也为脑积水患者带来了福音。医生采用神经内镜手术，可治疗不同类型的脑积水，不需放置分流管，避免了分流手术的各种并发症。
根据手术方式的不同，神经内镜用于脑积水的治疗分为以下几种 :
1.第三脑室底脚间池造瘘术：即在第三脑室与脚间池之间造一瘘口，使梗阻的脑脊液进入生理性循环吸收过程。手术的关键是确认瘘口完全通畅。病例宜选择正中孔至导水管水平梗阻的脑积水，室间孔的直径及第三脑室的宽度应超过内镜的直径，以便内镜能顺利操作，且第三脑室内无巨大中间块阻拦。不适用于交通性脑积水。
2.脉络丛凝固术：即在内镜下用双极电凝或激光对脉络丛绒毛进行大部分或全部凝固术，以减少脑脊液的分泌，从而使脑脊液的分泌和吸收达到新的平衡。病例宜选择进展缓慢的交通性脑积水，不适用于梗阻性脑积水及进展迅速的交通性脑积水。术中只需对脉络丛的绒毛凝固，尽量避免直接凝固脉络丛的血管，以免术中粘连造成不可控制的出血。
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3.分隔脑积水穿通术：分隔型脑积水是脑室内隔膜造成的脑积水，分为单房型和多房型。
4.内镜引导放置分流管：即在内镜的直视下将分流管的颅内端放置到理想的位置，术中可同时对分隔脑积水行穿通术并对病灶进行活检，避免了放置分流管时的盲目性，使分流管颅内端堵塞的机会大大减少。
另外，在进行手术之前，还做一项核磁共振检查，也就是“脑脊液电影检查”。脑积水手术的疗效与病因紧密相关，术前确定脑积水的病因和类型至关重要。CT和普通磁共振扫描都可显示脑室扩张，但有些病变难以显示，如脑室囊肿，更不能显示脑脊液流动情况。磁共振相位成像技术可清楚地显示脑脊液的流动情况，确定脑脊液循环的梗阻部位，还能显示脑组织的搏动，为脑积水的治疗决策提供更加翔实的依据。
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