因为致病微生物的不同，脑炎的治疗原则和方法可能不尽相同，但一般包括：
(1)病因治疗：如单纯疱疹病毒感染性脑炎使用无环鸟苷，结核性脑膜炎使用抗结核药物，新型隐球菌性脑膜炎使用氟康唑等抗真菌药，脑囊虫病使用丙硫咪唑驱虫治疗等。
(2)根据发病机制治疗：如自身免疫性脑炎使用免疫调节剂(如人体血免疫球蛋白、硫唑嘌呤、利妥昔单抗等)，脱髓鞘性脑炎使用甲基强的松龙等。
(3)对症支持治疗：如癫痫发作使用抗癫痫药，发热使用退热药，血压降低使用提升血压药物，低钠血症补钠，颅压增高使用甘露醇降颅压，营养状态差补充营养剂等。
(4)神经保护治疗：如使用依达拉奉、胞磷胆碱等药物
