颅内生殖细胞肿瘤中良性畸胎瘤只做手术切除，但须强调病理标本的立体多点取材，以免漏诊恶性成分;其他恶性NGGCT则先化疗后放疗，复查如肿瘤未消失再行手术切除，术后继续化疗2疗程;而后定期复查，如有复发应再行化疗。
手术在GE患者治疗中的作用主要是：活检确诊和脑室-腹腔分流(简称V-P分流)。GE确诊后主要治疗手段为以铂类为基础的化疗，待肿瘤消失后在原肿瘤部位施以局部小剂量放疗。这样不仅避免了全脑、全脊髓照射，而且降低了放疗造成的后遗症。松果体区生殖细胞瘤多伴有梗阻性脑积水，应先行V-P分流术缓解增高的颅内压,然后行化疗、放疗。其他部位生殖细胞瘤可直接行化疗后放疗。
