脑栓塞是属于神经内科常见的脑血管疾病，脑栓塞的治疗与后期的预防应该就诊神经内科。当然，如果合并其他系统的疾病，需要其他科室的协同诊治。比如心血管内科，呼吸科，风湿科，血管外科等。
脑栓塞的治疗应包括对于原发病即栓子来源器官病变的治疗和脑栓塞的治疗两部分。脑栓塞的治疗主要在于改善脑循环，减轻缺血缺氧所致的脑损害，各种治疗措施与脑梗死大致相同。
脑栓塞早期医生会根据发病时间以及基础疾病，尽可能恢复脑血液循环。脑栓塞后早期治疗非常重要，特别是对发病后 4.5 小时以内的患者，医生根据患者条件，选用一种叫做溶栓治疗。由于血栓形成初期，栓子比较软和疏松，这时可以通过药物溶解掉血栓，使血管再通，对于超过 4.5 小时甚至 6 小时的患者，就不适宜溶栓治疗了;
在脑栓塞急性期，3~4.5 小时内，也可以进行血管内治疗，把血栓取出来;
同时还要治疗基础疾病。比如控制血压，控制血糖，调节血脂等等。病情稳定后，会进行物理及康复治疗，尽量提高肢体的肌力，减少残疾程度;
由于心源性脑栓塞容易再发，建议脑栓塞患者在急性期应该卧床休息数周，减少再发风险。
