蛛网膜囊肿的形成原因直到现在是不清楚的，多数蛛网膜囊肿是先天性畸形(但不是遗传性疾病，和基因无关);可能是胚胎发育过程中有一小片蛛网膜发育成双层，中间逐渐积聚了大量脑脊液，成为囊肿。
60%以上的蛛网膜囊肿患者都是儿童，有的患者没有什么症状，或只有轻微的头痛，在某次做头颅中无意发现;也有些患者有明显的头痛、头晕，当学习紧张、休息不好时加重，甚至恶心呕吐，但一般没有肢体瘫痪、失明、失语等神经功能缺失。少数患者可能合并癫痫，这是因为囊肿周边的脑组织受压太严重，神经变性而产生癫痫灶。极少数特别巨大的囊肿，不仅导致癫痫，而且引起头围增大、脑发育受限、痴呆、脑瘫。
