松果体细胞瘤的治疗应当以手术治疗为主，因为该肿瘤的病理性质所决定肿瘤对放射治疗不十分敏感而部分病人在脑室腹腔分流术后虽然颅内压不高但中脑受压的体征却更明显，只有直接手术切除肿瘤才能解除对脑干的压迫。通过手术能获得较大肿瘤标本，对病灶性质了解更全面手术也可以大限度缩小肿瘤体积，利于术后其他辅助治疗。
根据肿瘤的发展方向可采用不同的手术入路松果体区肿瘤常见的手术入路包括幕下小脑上入路、枕叶下经天幕入路经纵裂胼胝体后部入路，可根据肿瘤性质、位置扩展方向和术者对入路的熟悉程度采取相应入路。对于肿瘤未能全切除且脑脊液循环梗阻未能解除者应当及时行侧脑室-腹腔分流手术作为辅助治疗术后可给予放射治疗。
如进行手术治疗，根据手术方法的不同，可能出现不同的并发症：
1.经胼胝体后入路
(1)术后偏瘫：多因损伤中央静脉所致，恢复多不完全。
(2)昏迷：大脑内静脉和大脑大静脉损伤所致，预后不佳。
(3)脑积水：肿瘤部分切除致术前脑积水未解除，或由于术后脑组织肿胀导致梗阻性脑积水，需行分流手术，病情危重时急症行快速钻颅侧脑室体外引流术。
(4)言语及书写困难：胼胝体切开所致，术中切开胼胝体不应过多，3～4cm即可。对于大脑交叉优势患者应避免采用经胼胝体入路。
2.经侧脑室三角区入路
(1)同向偏盲：因损伤视放射及视皮质所致。
(2)脑积水：术后脑脊液循环未通畅，或吸收障碍所致，必要时行脑室-腹腔分流或幕上-幕下分流术。
(3)下丘脑损害：表现为体温异常、意识障碍及应激性溃疡等，给予制酸药物及促醒药物、对症处理等。
(4)脑室内积血：手术创面大，术中止血不彻底所致。术中严密止血，术后病情变化时应及时复查CT，对症处理。
