在癫痫诊断和术前评估的领域里，脑磁图自有脑电图、核磁共振无法比拟的优势。
“一个鼎的三只脚，缺一不可” 一位癫痫患者，通过做脑电捕捉到了大脑的异常放电后，再通过做核磁检查，检查出患者有脑发育异常(或脑血管病、脑肿瘤)等异常因素。但不管是脑电还是核磁结果，都不能判断患者的癫痫发作是否跟这些病灶有关，此时，脑磁图检查就对患者致痫区的精确定位起着无法替代的作用，脑磁图、脑电、核磁在这位癫痫患者的诊断中，就像一个鼎的三只脚，缺一不可。
“捕捉神秘脑磁波的脑磁图”脑磁图(MEG)是通过检测获得的脑磁波与MRI相融合而得到的磁源成像(MSI)技术来完成自己的工作的，是形成集病灶与脑重要功能区为一体的解剖功能形态学影像，可以分辨出神经影像学技术和脑电图均难以发现的“微小的致痫灶”，
是癫痫诊治过程中一把重要的金钥匙。此外，和大多数疾病的影像学表现不同，癫痫灶具有其特有的脑电生理特性。而在一些脑电图检测不到棘波放电的病人，脑磁图有可能检测到棘波发放，对致痫灶的定位有着重要的意义。对于切除性手术来讲，痫灶定位极其重要，它是实施癫痫外科手术的基础，不但要明确痫灶位置、范围，还要明确它与功能区之间的关系，这对制定手术计划和预测手术的疗效极为重要。如此看来，脑磁图就是癫痫诊治过程中一把重要的金钥匙。目前，首都医科大学三博脑科医院脑磁图室已协助癫痫定位诊断500多例。
