引起皮毛窦的原因如下：

1、临床上目前认为皮毛窦是一种先天发育性的畸形，属于一种先天性的病变，在胚胎发育期，由于药物或者一些物理、化学性的刺激，导致这个患儿的神经管在发育生长过程中有一部分没有闭合，没有闭合以后直接导致中线部位就会形成一个窦道，在这个窦道上会有脐样的凹陷、色素的沉着或者局部的毛发，甚至还有部分皮肤的毛发就卷到窦道中间，所以这种在临床上研究趋向于还是一种先天性的胚胎发育缺陷;

2、在临床上还有一部分是比较少见的，就是属于后天性的因素，比如皮毛窦后天由于外伤，局部做过手术，这种很罕见，主要是见于成年人皮毛窦，就是做手术时导致局部有形成的凹陷、感染，反复破溃流脓以后经过治疗，愈合就形成一个窦道，这种当然比例很少，大部分还是倾向于先天性的发育异常，导致皮毛窦的形成。